由于行政區劃的存在，粵港澳跨行政區域創新系統的構建必然要考慮到不同行政區域的自身特點，以及由此產生的相互聯系與差別。因此，需要根據粵港澳三地的具體特征，分層次、分類別地建沒好以下創新子系統。
1、建立以地方政府為主導、中央政府參與的粵港澳跨行政區域協調創新系統
同國內外的跨行政區域相比，粵港澳跨行政區域中地方政府對整合的主導和推動相對不足。為此，應打破行政區劃界限，取消各自為政的市場界定和區域管制，并在CEPA的協商框架下，籌建“無縫隙”的跨行政區域協調創新委員會，作為粵港澳三地科技創新與合作的指導組織機構。一是利用區域科技規劃直接引導和參與跨行政區域創新活動，推動三地企業的協作創新;二是繼續完善粵港、粵澳高層的聯絡員制度和年會制度，建立地方政府各職能部門(如廣東省科技廳、香港創新科技署和澳門科技委員會)對口溝通合作機制;三是加強創新與創業文化建設，為創新活動創造良好的制度、體制和政策環境。
在“一國兩制”條件下構建跨行政區域創新系統，還需要中央政府的關懷、參與和協調1 31。粵港澳雖是三個地位平行的地方行政區域，但港澳是實行高度自治的特別行政區，享有廣泛的行政管理權。粵港澳交往有許多類似“涉外”關系上的制度制約，除中央明確授權者(如抗擊非典時期粵港澳的直接情報交流)外，較大事務缺少自主權(如政府高官訪問港澳需中央批準等)。在此特殊情況下，粵港澳跨行政區域創新系統的建設如果沒有中央政府的參與和協調，許多制約因素將難以排除或不能及時排除。
2、建立以企業為核心、現代產業體系為發展重點的粵港澳跨行政區域技術創新系統
企業是技術創新的主力，從粵港澳三地R&D經費的構成看，企業均在90%以上。粵港澳三地企業多屬于中小企業，綜合實力相對較弱，亟需各級政府重點扶持。因此，要以企業為核心大力實施“技術創新工程”，加強粵港澳三地企業之間的合作和交流，鼓勵廣東省具有自主知識產權的高新技術企業、民營科技企業建立研究中心和技術研究院，引導港澳企業在粵沒立研發機構，并通過科技體制改革和創新政策制定，加快粵港澳跨行政區域技術創新平臺的建設。
企業技術創新是建立現代產業體系的重要保障。要構建粵港澳緊密合作區，就要“跳出廣東謀劃發展廣東”，把廣東的發展與粵港澳跨行政區域的發展統籌起來，通盤考慮，打造以現代產業體系為發展重點的跨行政區域技術創新系統。現代產業體系離不開高新技術產業、先進制造業和現代服務業的相互融合，因此廣東省要以香港、新加坡、臺北、首爾等世界先進城市為標桿，加強與港澳地區的創新合作，在優化提升制造業“前店后廠”合作模式的基礎上，向服務業的“前店后樓(寫字樓)”合作模式延伸，促進形成產業結構高級化、產業發展集聚化、產業水平國際化的現代產業體系。
3、建立以高校和科研機構為主體、產學研相結合的粵港澳跨行政區域知識創新系統
粵港澳三地都有相當數量及知名度的高校和科研機構，但是，過去這些高校和科研機構的聯系交流與合作比較薄弱，科技資源的相互利用也不夠¨1。因此，有必要聯合粵港澳三地主要的高校和科研機構(如華南理工大學、廣東科學院、香港理工大學和澳門科技大學等)，成立粵港澳跨行政區域應用科技研究院或創新技術研究院，充分發揮三地高校和科研機構眾多、科技資源豐富、市場經濟發達等優勢，建設跨行政區域技術和知識生產的集散地，推動建立起聯系緊密的多元化、社會化的知識創新基礎平臺。
構建粵港澳跨行政區域知識創新系統，還應該加強企業和高校、科研機構的合作。例如，可以擴大一年一度的粵港關鍵領域重點突破項目招標的地域范圍，將澳門地區的科技項目納入其中，進一步促進粵港澳三地的產學研合作。廣東省企業要充分借助港澳地區的科技研發力量，在現有的科學城、大學城、國際生物島等創新平臺的基礎上，設立跨行政區域的研究開發機構、工程技術中心、重點實驗室等，并以臺灣新竹科技園、日本筑波科學城等為追趕目標，鼓勵以股份制形式組建科技合作群體等的產學研合作。
4、建立以中介組織為紐帶、生產力促進中心為結點的粵港澳跨行政區域服務創新系統
中介組織包括各種仲裁機構、代理機構、行業協會、商會等，是構建跨行政區域創新系統的重要主體t5 J。港澳地區的中介組織比較發達，多處于世界一流水平，并且十分渴望打入內地市場;廣東省已有的中介組織水平雖不如港澳地區，但部分城市(如廣州、深圳)的中介組織已處于內地領先水平，并且熟悉國情和通曉內地規則，粵港澳三地利用中介組織作為紐帶可以創造更大的商機。因此，要采取有效措施加快粵港澳跨行政區域的中介組織建設，包括扶持培育中介機構、推進資質認證、加強人員培訓等，逐步形成服務創新機構的網絡體系。
還可考慮以廣東省生產力促進中心(GDPC)、香港生產力促進中心(HKPC)和澳門生產力暨科技轉移中心(CPTTM)為主要結點，組建粵港澳跨行政區域生產力促進中心，推動建立三地資源共享的科技信息網絡平臺。鑒于香港在科技服務創新領域的優勢，粵港澳跨行政區域生產力促進中心可由香港生產力促進局主導，利用其在廣州、深圳和東莞設立的生產力咨詢有限公司，聯合為企業提供形式多樣的支持和服務。
5、建立以硬環境為基礎、軟環境為特色的粵港澳跨行政區域環境創新系統
跨行政區域創新環境包括硬環境和軟環境，它們是推動跨行政區域創新系統良性循環的保障和核心資源。粵港澳三地要在各自規劃的基礎上，努力構建現代化的綜合運輸網絡。近期要積極推進落馬洲河套地區開發、廣深港客運專線、蓮塘/香園圍口岸、橫琴島的開發與利用等重大跨境項目的合作，充分利用2008年初粵港澳三地政府就港珠澳大橋項目融資安排達成的共識(港方投資占50.2%，粵方占35.1%，澳方則占14.7%)，加快該項目的建設進程;要借鑒美國“國家信息基礎設施計劃”和臺灣“網絡新都”的經驗，打破傳統的區域發展思維，運用“網絡空間”替代“地理空間”，突破行政區劃的“岡q性約束”，彌補或縮小空間距離帶來的差異。
跨行政區域創新的政治、經濟、文化等軟環境，可以進行后天塑造，但絕大多數是與各行政區域的歷史文化密切相關的，要結合當地特色加以培育。以文化環境為例，粵港澳三地的社會文化都根植于嶺南文化，這有利于相互之間的情感認同和文化認同tsl。因此，應樹立文化是生產力、創造力和軟實力的思想，大力傳承創新嶺南文化，打造“文化廣東”、“文化港澳”，以文化產業的發展推進軟環境的建設;還應抓住2010年廣州亞運會這一契機，通過亞運會塑造“首善素質”，展現“首善之區”的文化風采，使嶺南文化得到弘揚和升華。同時，要健全創新政策法規，營造鼓勵冒險、容忍失敗的創新氛圍，為粵港澳跨行政區域創新系統的建設提供制度保障。
6、建立以風險投資體系為保障、人才聚集為優勢的粵港澳跨行政區域動力創新系統
資金和人才是最主要的兩種創新動力源。目前，香港已成為亞洲最大的風險投資營運中心，粵港澳三地完全有條件建立跨行政區域的風險投資體系。可考慮設立“粵港澳科技創新風險投資基金”，吸引民間資金支持科技創新活動;在深港、珠澳邊界建設跨行政區域的“高新技術創新走廊(園區)”，發揮“籌資中心”和“創新孵化器”的功能陽1;引進港澳資本創建風險投資公司，運用中央賦予的特殊政策和靈活措施，與港澳共同推動CEPA在廣東的先試先行;鼓勵廣東省中小企業通過香港主板和二板(創業板)市場實現上市融資，獲得境外資金的支持。
高層次人才是構建跨行政區域創新系統的另一重要動力源。粵港澳三地都面臨著吸引人才優勢弱化、創新人才后勁不足等問題，因此，需要樹立“創新是‘首善’之魂，人才是創新之本”的科學理念，破除“見物不見人”的傳統觀念，使粵港澳跨行政區域成為會聚人才的洼地、科技創新的高地、創業居住的福地，以此打造科技創新的人才優勢。粵港澳三地政府應該放寬科技創新人才出入境的審批手續，實施人才的柔性開放戰略，方便他們自由出入境和自由選擇在三地定居，以利于從事跨行政區域的科技工作和科技創新產品的開發與營銷。
粵港澳跨行政區域創新系統不僅強調各行政區域自身“面”上的創新能力建設，而且還強調各行政區域之間“面與面”的互動，即跨行政區域的橫向聯系和信息交流;并通過建立協調跨行政區域創新活動的指導組織機構，以中介組織為紐帶(“線”)，不斷致力于從微觀層面上提高各行政區域技術創新主體——企業這個“點”的技術創新能力，使這些“點”、“線”、“面”有機地結合起來，從而最大限度地發揮系統的聯動效應和聚集效應，促進粵港澳三地經濟和科技的深度融合與創新發展，也促進粵港澳緊密合作區的逐步形成與不斷完善。(作者：王鵬)
