綜觀我國醫藥產業存在的問題，主要表現為：企業規模小、產業集中度低、產業運行效益不高、產業發展受政策波動的影響大。
　　1999年11月15日，中美雙方就中國加入世貿組織簽署協議，其中，我國政府在醫藥領域主要有五方面的承諾：一是保護藥品知識產權；二是降低藥品進口關稅；三是2001年取消進口大型醫療設備的行政管制；四是2004年12月起開放藥品分銷服務；五是開放醫療服務。
　　截至當前，我國政府很好地履行了入世承諾。
　　在藥品知識產權保護方面，我國早在1993年1月1日實施的新修改的《專利法》就對藥品化合物實施了專利保護。同時，根據1992年中美簽署的《中美知識產權備忘錄》，我國對1993年以前的藥品發明給予追溯性的藥品行政保護作為彌補，從而為藥品知識產權保護建立了重要的法律制度。

　　在降低藥品進口關稅方面，1999年，我國藥品的平均進口關稅在19%左右，而目前藥品進口最惠國稅率基本在3%～6%之間，其中稅則號30066010和30066090的稅率為0，稅則號30067000的稅率為6.5%，稅則號30069100的稅率為10%，進口關稅大幅降低。
在取消進口大型醫療設備的行政管制方面，目前，我國對單件設備2萬美元以上，一次合計20萬美元以上大型醫療設備取消了進口審批權，大型醫療設備的進口基本沒有障礙。

　　外商可在中國從事藥品采購、倉儲、運輸、配送、批發、零售和售后服務。2004年12月，美國美華醫藥公司以100萬美元全資收購北京萬維醫藥有限公司，成為首家獨資進入我國醫藥分銷領域的外資公司；2005年4月，日本住友與河南最大的醫藥流通企業之一天方藥業集團公司簽訂了《股份購買協議》；2006年，舒普瑪控股貴州一樹連鎖醫藥公司51%的股份；2007年1月，英國最大藥品分銷和零售公司之一的聯合博姿（AllianceBoots）宣布與我國第三大藥品批發公司廣州醫藥有限公司組建合資企業。2008年又與上海榮恒醫藥公司成立了合資公司。由于我國醫院仍然是藥品終端銷售的主要渠道，所以，外資在進入藥品分銷領域的態度還比較謹慎。

　　我國醫藥產業是遭受國外對華貿易救濟措施的重災區之一，我國遭受的第一起反傾銷案就發生在醫藥領域，即1979年8月歐共體對從我國進口的糖精鈉實施反傾銷。我國遭受的國外第一起反壟斷案也發生在醫藥領域，即2005年年初，美國Ranis公司和AnimalScienceProductsInc.公司控告我維生素C出口企業高價壟斷維生素市場。根據中國醫藥保健品進出口商會的統計，1990年至2008年12月底，我國醫藥保健品共遭受53起國外反傾銷調查，我國企業參加應訴的有26起，應訴率不到50%，而在應訴的案件中完全勝利的只有2起，對方主動終止調查的4起。

　　在我國對外實施反傾銷等貿易救濟措施方面，只有2007年6月16日起對原產于印度的進口磺胺甲0惡唑征收反傾銷稅這一起案件贏得勝利。
　　企業規模嚴重偏小。我國醫藥制造企業普遍規模較小。根據中國企業聯合會、中國企業家協會發布的《2006中國企業500強名單》來看，進入500強榜單的以醫藥為主業（含醫藥商業企業）的企業只有10來家，其中以醫藥制造業為主業的只有華北制藥集團和新華魯抗醫藥集團，分別排在第441和475名，其營業收入分別為68.1億和63.7億元人民幣，都不到500強平均營業收入的1/4。據國家統計局的統計，2005年，我國醫藥生產大型企業僅為55家，不到全部國有和規模以上醫藥企業數的1%。從國際對比來看，2007年美國輝瑞公司的收入是486億美元，是華北制藥集團的54倍。

　　產業集中度較低。近年來，我國醫藥產業的集中度呈現逐步下降的趨勢，2005年前5強企業銷售收入占比不到9%，前100強企業占比不到40%，分別較2002年下降了約2個和4個百分點。大型醫藥企業的銷售收入占比大幅下滑，從2002年的46.2%，下降到2005年的20.8%。從國際水平來看，2007年全球前10大制藥企業銷售收入占當年全球藥品銷售收入的40%，而我國前10大醫藥企業市場集中度不到14%，其集中度是我國的近3倍。
　　產業運行效益不高。醫藥產業公認為是高利潤、高回報的產業，但在我國并非如此。自2004年以來，整個產業的利潤增長漸顯乏力，2006年同比增長僅11.1%，比當年全國規模以上工業企業平均31%的利潤增速低近20個百分點。同時，醫藥工業的毛利水平逐步下降，從2000年的36.9%下降到2007年的31.1%；整體創利能力也在下降，百元銷售收入創利從2003年的9.37元人民幣，下降到2006年的7.95元人民幣；銷售利潤率從2003年的9.4%，下降到2006年的7.8%，2007年小幅上升至9.6%。但與之形式鮮明對比的是，全球財富500強中的制藥企業銷售利潤率在15%～16%左右，有的甚至超過20%，特別是2002年財富500強中前10家制藥企業的利潤總和（359億美元）竟然超過了其他所有490家企業的利潤總和（337億美元）。應該說，我國醫藥產業運行效益不高與產品結構、企業議價能力和同質化過度競爭等因素有直接關聯。

　　產業發展受政策波動影響大。醫藥產業是受政府規制最多、最嚴的產業之一，也是受政策影響最深的產業之一。其中，宏觀政策影響因素包括醫療衛生管理體制、醫療保險及報銷制度、藥品價格管理體制以及藥品的注冊、生產和流通體制等等。國家在醫療服務和保險方面投入的增加將直接推動藥品市場規模的擴張。根據新醫改方案提出的目標，我國將實現新型農村合作醫療制度，建立覆蓋城鄉居民的基本衛生保健服務體系。此舉將分別創造醫療服務需求400億元人民幣和500億～2900億元人民幣，以藥品收入占50%計算，分別增加藥品市場規模約200億元人民幣和250億～1450億元人民幣。